蛋白-配体接触频率（Contact Ratio）绘图工具
蛋白-配体接触频率（Contact Ratio）绘图工具contact · Protein–Ligand
概述
蛋白-配体接触频率图把“口袋里哪些残基真正在跟配体打交道”排序呈现：对每帧按距离判据（如残基任一重原子距配体 ≤ 0.45 nm）统计接触，得到各残基的接触占比（Contact Ratio %）。高频柱（>80%）即配体的常驻接触层，是结合模式叙述与突变设计的残基级落点。
本工具解析三列 CSV（Residue、Frequency、Contact_Ratio%），按 Contact Ratio 降序成柱，百分比即高度、读数即结论。系列配体各一份 CSV 分别出图，接触残基谱的增减直接反映结合模式的迁移。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| 三列 CSV | Residue, Frequency, Contact_Ratio(%)，列头可命名 |
| 数据来源 | MDAnalysis LigandContact / 自编脚本按距离判据统计 |
| 兼容格式 | .csv / .txt / .dat |
结果解读
前 5–10 根高频柱构成配体的核心接触层：疏水残基（Leu/Ile/Val/Phe）高频 = 疏水腔填充良好；极性/带电残基高频 = 特异性识别位点。中频（30%–70%）柱多为“呼吸式”接触或水桥区域；把本图与氢键曲线、能量分解对照，可分清“几何常驻”与“能量贡献”两层。
比较不同配体/突变体的接触谱时，注意判据距离一致。Contact Ratio 掉 30% 以上的残基值得单独讨论——常对应口袋形变或配体姿态漂移。
使用步骤
- 对轨迹统计逐残基接触占比（固定距离判据）。
- 导出三列 CSV，拖入投递区。
- 调整柱体粗细与配色。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
Contact Ratio 的判据距离用多少？
残基任一重原子距配体任一重原子 ≤ 0.40–0.45 nm 是最常见口径；Cα 口径（≤ 0.65 nm）更宽容。判据收紧会整体压低占比但不改变排序，系列内部保持一致即可。
接触频率高的残基就是关键残基吗？
多数情况是，但需能量印证：接触占比高但能量分解贡献平平的残基属“几何常驻、能量旁观”；真正热点是高频接触且 MM-PBSA 分解贡献显著的残基。两图并读最稳。
疏水口袋里 Contact Ratio 全是 100% 正常吗？
正常且是好信号：深埋口袋的疏水残基几乎全程接触。反而要警惕“个别残基 100% + 多数残基 <30%”的偏侧分布，可能提示配体贴壁或姿态不正。
