蛋白-蛋白接触频率矩阵（Contact Map）绘图工具
蛋白-蛋白接触频率矩阵（Contact Map）绘图工具contact · Protein–Protein
概述
接触频率矩阵把“哪两个残基在界面上接触、接触得多频繁”一次性铺开：行与列分别是两条链的残基（标识为 链_编号_名称），矩阵元为该残基对在轨迹中处于接触判据内的时间百分比。它是蛋白-蛋白界面分析的核心图：高频接触块直接勾勒界面热点，与能量分解结果互为几何与能量两侧的印证。
本工具解析三列接触清单聚合得到的 CSV 矩阵（行列头为残基标识），以红-黄渐变渲染百分比热度并附 colorbar。深红块 = 持续接触（>80%），浅色斑点 = 随机碰触；配合 MM-PBSA 残基分解图，可快速区分“能量热点”与“几何接触”是否一致。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| CSV 矩阵 | 行列头为残基标识（链_编号_名称），值为接触百分比 0–100 |
| 数据来源 | MDAnalysis contacts / 自编脚本按距离判据（如 Cβ–Cβ ≤ 0.45 nm）统计 |
| 兼容格式 | .csv / .txt / .dat |
结果解读
对角线外的深红块即界面核心；其分布形态还有额外信息：连续带状提示线性表位（如螺旋贴螺旋），离散斑点提示关键残基主导的口袋式结合。若某一残基行整行浅色而其能量分解贡献却很大，多为间接（水介导或变构）效应，值得单独讨论。
统计口径注意三点：接触判据距离（0.35–0.5 nm 常见）、判定原子（Cβ/最近重原子）、以及是否要求连续存续帧。跨工具对比时口径不同会系统性抬高/压低频率值，发表时应写明。
使用步骤
- 对轨迹运行接触统计（MDAnalysis /
gmx mindist -on等）得到频率矩阵 CSV。 - 拖入 CSV 文件；行列头残基标识自动解析为轴刻度。
- 调整尺寸、字号与色条字号。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
接触判据选多少合适？
重原子间 ≤ 0.45 nm 或 Cβ–Cβ ≤ 0.6 nm 是文献常见判据；更紧的判据（0.35 nm）只保留近距紧密接触。没有唯一标准，关键是与对比对象保持一致并在方法部分注明。
矩阵行列的残基标识为什么是“链_编号_名称”格式？
多链复合物中残基编号会重复（链 A 的 35 与链 B 的 35 是两个残基），三段式标识保证唯一。工具按此格式解析行列头；纯数字矩阵也可渲染，但无法区分同号残基。
接触频率高就等于能量贡献大吗？
不一定。几何接触频繁的残基可能只是界面边缘的浅接触；真正的热点（贡献 |ΔG| 大）常同时高频接触且被疏水/静电环境包裹。建议接触矩阵与 gmx_MMPBSA 残基分解图对照阅读。
