蛋白-配体 RMSF（残基柔性谱）绘图工具
蛋白-配体 RMSF（残基柔性谱）绘图工具rmsf · Protein–Ligand
概述
在蛋白-配体体系中，RMSF 的关注焦点从“整体柔性”收敛到“口袋周围”：配体结合会压制口袋残基与结合环（binding loop）的涨落，apo→holo 的 RMSF 下降带直接刻画了配体的影响范围。反之，若口袋残基在结合后反而更活跃，可能提示结合模式不稳定或诱导了构象重排。
本工具解析 gmx rmsf -res 输出并自动处理链编号回落。将 apo 与 holo 两个 .xvg 一起拖入叠画，口袋区（标注残基号区间）的 RMSF 差异带一眼可辨；配合接触频率图（Contact Frequency）可以把“刚性化的残基”与“实际接触的残基”精确对上。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx rmsf -res 输出：残基编号 + RMSF (nm) |
| apo/holo 对比 | 两份 .xvg 同图叠画，或 .zip 一次拖入 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
读图时先定位口袋：以对接/晶体复合物中距配体 0.5 nm 内的残基为口袋残基集合。apo vs holo 对比中，口袋残基 RMSF 下降 20%–50% 属典型结合刚性化；下降区域若延伸到远端环，提示变构耦合。远离口袋的区域两条曲线应基本重合，否则两条轨迹的可比性存疑（时长、温度、力场需一致）。
个别口袋残基 holo 反而升高，常出现在“部分占据/翻转”的配体姿态或水介导接触不稳定的情形，值得截帧检查。发表建议：曲线图 + 一张表格（口袋残基 apo/holo RMSF 均值与变化百分比）互证。
使用步骤
- 对 apo 与 holo 轨迹分别运行
gmx rmsf -res。 - 两份 .xvg 一起拖入；或载入示例先看效果。
- 调整配色、线宽与图例（区分 apo/holo）。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
怎么标出哪些残基属于口袋？
以参考复合物结构中任一配体重原子 0.5 nm 内的蛋白残基为口袋残基（可用 gmx select 或 PyMOL 选取）。读 RMSF 图时对照该残基号区间即可；本工具轴为残基编号，标注直观。
apo 与 holo 的 RMSF 能直接比较吗？
可以，但前提是两条轨迹的模拟设置（力场、水模型、温度、时长）一致，且都已达到平衡。比较应在相同平衡窗口内进行，apo 轨迹建议与 holo 等长。
RMSF 下降多少说明口袋被刚性化？
文献中口袋残基结合后下降 20%–50% 是常见量级；更稳健的表述是与远端对照残基（应基本不变）做归一化对比，避免把全局温度涨落误读为结合效应。
