距离监测（Distance Monitor）绘图工具
距离监测（Distance Monitor）绘图工具distance · Trajectory Dynamics
概述
距离-时间曲线把“两个基团靠得有多近”变成一条可直接讨论的轨迹：酶催化残基间距（如 His-Asp 双组分 0.3–0.4 nm 即近作用距离）、口袋盖子与口袋底的张开度、配体特定原子与骨架的距离保持、二硫键波动等。任何以“靠近/远离”为机制要素的论述，都需要这条曲线作为定量支撑。
本工具解析 gmx distance（指定原子对/组质心）与 gmx mindist（两组最近原子）输出。多条距离曲线可同图叠画，例如同时监测口袋两个边缘到配体的距离以判断倾斜姿态。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx distance（原子对/质心）或 gmx mindist（最近距离）输出 |
| 多曲线叠画 | 多个 .xvg 或多数据集文件一次拖入 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
氢键级相互作用距离在 0.28–0.35 nm 附近震荡（静电/氢键区）；>0.5 nm 视为脱离作用范围。曲线的双态切换（如 0.32 nm ↔ 0.6 nm）对应开/合或进/出两种构象态，切换频率即态寿命的直接读数。长寿命平台比瞬时低值更有讨论价值。
质心距离与最近原子距离的口径差异要写明：质心口径平滑但掩盖取向细节，最近原子口径灵敏但易受单个旋转的侧链影响。酶学机制讨论通常两者都看：质心定状态，最近原子定接触。
使用步骤
- 用索引组或
gmx make_ndx定义原子/基团，运行gmx distance或gmx mindist。 - 拖入 .xvg；多条曲线自动分色。
- 调整坐标标签（默认 nm）与图例。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
gmx distance 和 gmx mindist 有什么区别？
gmx distance 计算指定原子对或组质心间的距离（固定对象）；gmx mindist 给出两组中任意最近原子对的距离（随帧变化）。前者适合定义明确的几何量，后者适合“是否接触”的监测。
怎么判断口袋是开还是关？
选盖子区残基与口袋底残基两组，用质心距离曲线定开合：阈值参考 apo 晶体（开）与 holo 晶体（合）结构的同一距离。曲线平台双态分布 + 直方图，即可统计开/合占据比。
距离单位是 nm 还是 Å？
GROMACS 输出 nm。论文如需 Å 在图注换算（×10）；本工具坐标轴标签可自定义。
