蛋白-蛋白 SASA（溶剂可及面积）绘图工具
蛋白-蛋白 SASA（溶剂可及面积）绘图工具sasa · Protein–Protein
概述
SASA（Solvent Accessible Surface Area，溶剂可及面积）是探针滚过蛋白表面所扫过的面积，单位 nm²。蛋白-蛋白结合会把原本暴露的表面埋入界面，ΔSASA（单体 SASA 之和减去复合物 SASA）是衡量界面大小的标准量：典型特异性蛋白-蛋白界面埋藏面积约 60–120 nm²（约 1200–2400 Ų）。
本工具解析 gmx sasa 输出的 SASA–时间曲线。对比“单体分别模拟”与“复合物模拟”两条曲线之差，即可直接得到界面埋藏面积随时间的演化，为结合模式合理性提供几何证据；亦可用于监测结合后表面口袋的开合行为。
输入数据格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
| GROMACS .xvg | gmx sasa 输出：时间 + SASA (nm²) |
| 多文件叠画 | 单体与复合物各一份 .xvg，同图直接对比 |
| 兼容格式 | .xvg / .txt / .csv / .zip |
结果解读
复合物 SASA 曲线进入平台后，其与两单体曲线之和的差即界面埋藏面积。埋藏面积中通常过半来自非极性原子，与界面疏水自由能经验公式（约每 nm² 非极性埋藏贡献 −(20~25) kJ/mol 疏水驱动）配合，可对结合自由能做量级估计。
若 SASA 在模拟中段出现阶跃式上升/下降，提示表面环发生大幅重排或界面短暂打开。SASA 计算依赖探针半径（默认 0.14 nm，即水分子）与原子半径集，跨文献比较前先核对参数口径。
使用步骤
- 对复合物（及对照单体）分别运行
gmx sasa。 - 拖入 .xvg 文件，或载入示例数据。
- 调整配色与图例；多曲线自动区分。
- 导出 600 dpi PNG / 矢量 PDF。
所有解析与渲染均在浏览器本地完成：上传入口就是文件选择器本身，数据不经过任何服务器， 断网环境同样可用。可以先用本页工作台的“一键载入示例数据”体验全流程，再换自己的模拟输出。
常见问题
界面埋藏面积怎么从 SASA 曲线算出来？
分别获得两条链的 SASA 曲线（单独选择组或分别模拟）与复合物整体 SASA 曲线，取平衡段均值后：ΔSASA = SASA(链A) + SASA(链B) − SASA(复合物)。同一条轨迹内也可以用 gmx sasa 的分组输出直接得到。
SASA 的单位是什么？
GROMACS 输出为 nm²；换算到文献常用的 Ų 需乘以 100。例如 0.65 nm² = 65 Ų。
探针半径会显著影响 SASA 数值吗？
会。默认水探针半径 0.14 nm；探针越大测得面积越小。与 PISA 等服务器比较时注意其默认探针与半径集（通常基于 Chothia 或 Bondi），必要时注明参数。
